استخراج RNA

1. به چه دلیل در بعضی از موارد استخراج RNA، آلودگی با DNA ژنومیک دیده می شود؟ چگونه مئ توان از بروز این آلودگی جلوگیری کرد؟

آلودگی RNA به DNA  ژنومیک به هنگام برداشت  و انتقال فاز بالایی (aqueous phase) به تیوب بعدی رخ می دهد. در طی مراحل استخراج RNA (با یا بدون استفاده از ستون) به مرحله ای می رسید که تیوب حاوی محلول استخراج سانتریفیوژ می گردد تا سه فاز در آن تشکیل شود.  این فازها به ترتیب از بالا به پائین عبارتند از: فاز آبی، اینترفاز و فاز ارگانیک. در این مرحله لازم است که فاز بالایی (آبی) به لوله جدیدی منتقل شود.
نکته بسیار مهم در انجام این مرحله، انتقال در حجم های بسیار کم می باشد تا آلودگی

با اینترفاز و انتقال از این فاز میانی ممکن نگردد. بدین منظور بهتر است از سرسمپلر زرد (10 تا 100 میکرولیتری) به جای سر سمپلر آبی (100 تا 1000 میکرولیتری) استفاده کرد و حجم هر بار انتقال را به 30 میکرولیتر کاهش داد. مسلما تعداد دفعات انتقال بیشتر می گردد، اما در انجام این مرحله هیچ عجله ای نداشته باشید. نکته مهم دیگر در همین رابطه قیچی کردن نوک سرسمپلر می باشد که موجب می گردد سطح مقطح نوک بزرگتر شده و نیروی مکش مایع در واحد سطح کم شود. این باعث می گردد تا امکان آلوده شدن به اینترفاز به حداقل برسد. اگر کاربر بدون توجه به این نکات و با احتساب این که فاز بالایی دارای 700 میکرولیتر حجم می باشد از سرسمپلر آبی استفاده کند، امکان آلودگی با اینترفاز را به حداکثر می رساند. حجم  زیاد این نوع سرسمپلرها و سطح مقطع بسیار کوچک آنها در ناحیه نوک نیروی مکش بسیار زیادی را ایجاد می نماید که به طور نامحسوس اینترفاز را به داخل فاز بالایی می کشاند.
Image adapted from: OpenWetWare