بافر الکتروفورز (TAE و TBE)

بافر الکتروفورز (TAE و TBE غلیظ) دنازیست برای جداسازی دقیق قطعات DNA و RNA با تکنیک الکتروفورز ژل آگارز به کار می‌رود. این بافرها، یعنی TAE (Tris-acetate-EDTA) و TBE (Tris-borate-EDTA) با پایدارسازی pH در طی فرآیند الکتروفورز، محیطی ایده‌آل برای حرکت و تفکیک مولکول‌های نوکلئیک اسید فراهم کرده و به کسب نتایج واضح، قابل اعتماد و تکرارپذیر کمک شایانی می‌نمایند.

بافر TAE اغلب برای قطعات DNA بزرگتر و بازیابی نمونه پس از الکتروفورز گزینه بهتری است، در حالی که بافر TBE به دلیل ظرفیت بافری بالاتر و قدرت تفکیک بهتر برای قطعات کوچکتر DNA و RNA و همچنین برای الکتروفورزهای طولانی‌مدت، عملکردی ایده‌آل ارائه می‌دهد. انتخاب بافر الکتروفورز با کیفیت از دنازیست، گام مهمی برای دستیابی به نتایج بهینه و دقیق در آزمایش‌های الکتروفورز شماست.

بافر الکتروفورز TAE (Tris-Acetate-EDTA):

بافر الکتروفورز TAE یک محلول بافری است که شامل مخلوطی از Tris، اسید استیک و EDTA می‌باشد. این بافر در زیست شناسی مولکولی برای جداسازی اسیدهای نوکلئیک مانند DNA و RNA در ژل آگارز کاربرد دارد. این بافر هم به عنوان بافر اجرای الکتروفورز و هم در ساخت ژل آگارز استفاده می‌شود.

برای تهیه ژل آگارز، ابتدا باید ژل را در آب حل کرده و سپس در مایکروویو گذاشته تا نزدیک دمای جوش شود. سپس ژل را خنک کرده و در قالب ژل ریخته و منتظر جامد شدن آن بمانید. پس از جامد شدن ژل، قالب را به دستگاه الکتروفورز منتقل کرده و نمونه های DNA را در حفره های ژل لود کنید. سپس دستگاه را روشن کنید و جریان الکتریکی را تنظیم کنید. پس از مدت زمان مورد نظر، دستگاه را خاموش کنید و ژل را برای مشاهده الگوهای DNA تحت UV قرار دهید. ممکن است بسته به روش انتخابی شما، رنگ لازم برای مشاهده DNA‌ قبل از ریختن آگارز به داخل قالب یا پس از الکتروفورز به ژل اضافه شود.

بافر TAE 50X را قبل از استفاده به نسبت ۱:۵۰ با آب دیونیزه رقیق و استفاده کنید.

ساختار و ترکیب بافر TAE:

• Tris (hydroxymethyl) aminomethane
• Acetic acid
• EDTA (Ethylene Diamine Tetraacetic Acid)

ویژگی‌های بافر TAE:

• دارای pH حدود ۸٫۵
• برای جداسازی قطعات DNA کوتاه‌تر مناسب است.
• مقدار حرارت تولید شده در هنگام الکتروفورز در بافر TAE کمتر است.

بافر الکتروفورز TBE (Tris-Borate-EDTA):

بافر الکتروفورز TBE یک محلول بافری است که از تریس، اسید بوریک و EDTA تشکیل شده است. این بافر نیز برای الکتروفورز اسیدهای نوکلئیک مانند DNA و RNA استفاده می‌شود. بافر TBE در شرایط کمی قلیایی کار می‌کند و باعث می‌شود DNA دپروتونه و محلول در آب شود. این بافر همچنین از تجزیه DNA توسط آنزیم‌ها جلوگیری می‌کند. بافر TBE 5X را در دمای اتاق ذخیره کنید و قبل از استفاده به نسبت ۱:۵ با آب دیونیزه رقیق و استفاده کنید.

ساختار و ترکیب بافر الکتروفورز TBE:

• Tris (hydroxymethyl) aminomethane
• Boric acid
• EDTA (Ethylene Diamine Tetraacetic Acid)

ویژگی‌های بافر TBE:

• دارای pH حدود ۸٫۳
• برای جداسازی برش‌ها و قطعات بزرگتر DNA مناسب‌تر است.
• با این بافر می‌توان برای مدت زمان بیشتری بدون نیاز به تعویض بافر، الکتروفورز را انجام داد.

در انتخاب بین بافرهای TAE و TBE باید به نوع نمونه، اندازه DNA یا RNA مورد نظر، و مدت زمان مورد نیاز برای الکتروفورز توجه کرد.

بافرهای الکتروفورز TAE و TBE چه تفاوتی با هم دارند؟

بافرهای TAE و TBE هر دو محلول بافری هستند که در تکنیک ژل الکتروفورز برای جداسازی اسیدهای نوکلئیک مانند DNA و RNA استفاده می‌شوند. این بافرها از ترکیبات شیمیایی مختلفی تشکیل شده‌اند که در بالا به آن اشاره کردیم و در ادامه کمی به آن میپردازیم.

بافر TAE مخفف Tris-Acetate-EDTA است که شامل تریس بیس، استات سدیم و EDTA سدیم است. این بافر دارای pH حدود ۸٫۵ است و برای الکتروفورز با ولتاژ پایین (کمتر از ۱۵۰ ولت) مناسب است. بافر الکتروفورز TAE برای جداسازی قطعات DNA با اندازه بالا توصیه می‌شود زیرا رسانایی بالاتری دارد و حرارت کمتری نسبت به بافر TBE ایجاد می کند. همچنین، بافر TAE بهتر از بافر TBE قطعات DNA را در ژل نگه می‌دارد و قابلیت انتشار DNA‌ از آن کمتر است.

بافر TBE مخفف Tris-Borate-EDTA است که شامل تریس بیس، اسید بوریک و EDTA سدیم است. این بافر الکتروفورز نیز دارای pH حدود ۸٫۳ است و برای الکتروفورز با ولتاژ بالا مناسب‌تر است زیرا ظرفیت بافری بالاتر و رسانایی کمتری نسبت به بافر TAE دارد. بافر TBE برای جداسازی قطعات DNA با اندازه متوسط قابل استفاده است. همچنین، بافر TBE مناسب‌تر از بافر TAE برای الکتروفورز در مدت طولانی است.

برای ساخت ژل الکتروفورز، اغلب از غلظت 1X یا 0.5X این بافرها استفاده می‌شود که این با رقیق سازی محلول‌های 5X یا 50X آنها تهیه می‌شود.

100 ml of 50x TAE buffer for gel electrophoresis, enough to make 5 L of running buffer; Cat. No. S-5037

100 ml of 5x TBE buffer for gel electrophoresis, enough to make 500 mL of running buffer; Cat. No. S-5038